Un nuevo enfoque computacional identifica ADN humano heredado de ancestros «fantasma»

Un nuevo enfoque computacional capaz de detectar la ascendencia de homininos arcaicos en los humanos modernos sin necesidad de genomas antiguos de referencia identifica ADN humano heredado de ancestros "fantasma", lo que plantea un panorama de la evolución más complejo.

A menudo, sostienen investigadores de la Universidad de California en Berkeley, Estados Unidos, se concibe la evolución humana como un árbol ramificado, pero los nuevos datos revelan una historia mucho más interconectada, más parecida a una compleja red de poblaciones unidas por repetidos episodios de migración y mestizaje.

Hasta la fecha, la secuenciación de los genomas de neandertales y denisovanos ha demostrado que el mestizaje entre los humanos modernos y los homininos arcaicos contribuyó a configurar los genomas actuales.

Se sospecha que los humanos modernos también se cruzaron con otros grupos humanos arcaicos aún no identificados, a menudo denominados poblaciones "fantasma".

Además, las pruebas procedentes de poblaciones actuales y de genomas denisovanos apuntan a linajes "superarcaicos" aún más antiguos, que se separaron del árbol genealógico hace cerca de un millón de años o incluso antes.

Sin embargo, la escasez de muestras de ADN arcaico -especialmente de poblaciones más antiguas o geográficamente diversas- y la dependencia de los métodos actuales de genomas de referencia han limitado la capacidad para reconstruir la historia completa de la introgresión arcaica, según los autores que publican su estudio en la revista Science.

El trabajo, liderado por Yulin Zhang, describe un método computacional denominado TRACE, que reconstruye grafos de recombinación ancestral -mapas detallados de cómo han evolucionado los genomas mediante la recombinación y la ascendencia compartida-. El objetivo, detectar las huellas genéticas de antiguos cruces.

Los autores validaron el método mediante simulaciones y lo aplicaron a genomas de alta cobertura de poblaciones humanas de todo el mundo, incluido el conjunto de datos del Proyecto 1000 Genomas.

TRACE logró localizar la ascendencia conocida de neandertales y denisovanos, al tiempo que reveló episodios hasta ahora desconocidos de mestizaje con grupos humanos arcaicos.

En concreto, los investigadores identificaron regiones de ADN que los humanos heredaron de dos ancestros desconocidos como resultado de un mestizaje remoto.

Uno de los ancestros desconocidos, al que los investigadores denominan ancestro fantasma, se cruzó con humanos modernos en África hace más de 50.000 años, antes de la migración más reciente del Homo sapiens fuera de ese continente hacia Europa y Asia.

Estos genes comprenden alrededor del 1 % del genoma de los humanos modernos, una cantidad comparable a la de ADN neandertal en el genoma humano, señala un comunicado de la universidad.

El otro ancestro misterioso, que en este caso los investigadores denominan "superarcaico", era un linaje de homininos de 1,8 millones de años que se cruzó con los denisovanos en Eurasia; posteriormente, los denisovanos compartieron parte del ADN superarcaico con los humanos modernos mediante el mestizaje con Homo sapiens.

Aunque no está claro quiénes fueron estos ancestros fantasma y superarcaicos, el tiempo de divergencia inferido coincide con la existencia de grupos de Homo del Pleistoceno Medio en África hace 800.000 años y de Homo erectus en Eurasia hace 1,8 millones de años, respectivamente.